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海南热带海洋学院崖州湾创新研究院成立于2021年9月，立足海南自由贸易港建设需求和学校高水平应用型海洋大学建设导向，重点围绕水产南繁育种、热带海洋生态保护与蓝色碳汇、深海探测与材料装备等主攻科研方向，开展理论创新、技术研发、成果转化和人才培养，努力建设成为学校创新发展和人才培养的实验田、科技创新的孵化器、国际国内合作交流的桥梁和纽带，切实为海南自由贸易港建设做出贡献。
创新研究院现有科研人员87名，其中海南省领军人才6人，泰山产业领军人才1人，海南省拔尖人才9人；管理人员15名。自成立以来，共获批和立项各级各类科研项目50余项，项目经费800余万元，发表高水平论文30余篇，其中SCI收录20余篇。深化产教融合、院企合作，已与国家海洋环境监测中心、海南省农业农村厅、海南国家公园研究院、浙江华东建设工程有限公司等十多家单位开展项目合作。
